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फार्मास्युटिकल उद्योग में, प्रोपियोनिक एसिड दवा के आणविक ढांचे के निर्माण के लिए एक काइरल बिल्डिंग ब्लॉक के रूप में कार्य करता है। यह थायोएमिनो एसिड के साथ संघनन अभिक्रिया करके पाइराज़िनामाइड के अग्रदूत तैयार करता है, जिससे तपेदिक रोधी दवाओं की जैव उपलब्धता 82% तक बढ़ जाती है। सेफालोस्पोरिन एंटीबायोटिक दवाओं के अर्ध-संश्लेषण में, यह एक एसीलेटिंग एजेंट के रूप में कार्य करता है और बीटा-लैक्टम रिंगों को सफलतापूर्वक जोड़ता है, जिससे सेफोपेराज़ोन सोडियम की उपज 63% से बढ़कर 78% हो जाती है। नए एंटीकोएगुलेंट रिवरोक्साबान के संश्लेषण मार्ग में, प्रोपियोनिल एसिटिक एसिड से जुड़े केटोल संघनन चरण से प्रमुख मध्यवर्ती पदार्थों की उत्पादन लागत में 27% की कमी आती है।